অবশেষে বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয়ে উপাচার্য হিসেবে দায়িত্ব পেলেন ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের ভুগোল ও পরিবেশ বিভাগের অধ্যাপক ড.এ.কিউ.এম মাহবুব।

আজ ২ সেপ্টেম্বর শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের মাধ্যমিক ও উচ্চশিক্ষা বিভাগের যুগ্মসচিব সৈয়দ আলী রেজার স্বাক্ষরিত একটি প্রজ্ঞাপন থেকে বিষয় টি নিশ্চিত করা হয়।
প্রজ্ঞাপনে বলা হয় যে, মহামান্য রাষ্টপ্রতি ও চ্যান্সেলর এর অনুমোদনক্রমে বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয় আইন, ২০০১ এর ধারা ১০(১) অনুযায়ী ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের ভুগোল ও পরিবেশ বিভাগের অধ্যাপক(অবসরপ্রাপ্ত) ড.এ.কিউ.এম মাহবুবকে বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয়,গোপালগঞ্জ এর ভাইস চ্যান্সেলর পদে নিযুক্ত করা হল।
২০০১ সালের ৮ই জুলাই মহান জাতীয় সংসদে বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয়,গোপালগঞ্জ আইন প্রণীত হওয়ার পর ২০০১ সালের ১৩ই জুলাই তৎকালীন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা আনুষ্ঠানিক ভাবে এই বিশ্ববিদ্যালয়ের ভিত্তি প্রস্তর স্থাপন করেন।১৪ই জুলাই ২০০১ সালে তৎকালীন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা অত্র বিশ্ববিদ্যালয়ের উপচার্য হিসাবে রাজশাহী বিশ্ববিদ্যালয়ের ফলিত পদার্থবিজ্ঞান ও ইলেকট্রনিক্স বিভাগের প্রফেসর ড.এম. খায়রুল আলম খানকে নিয়োগের জন্য সুপারিশ করলে তৎকালীন রাষ্টপ্রতি ১৯ই জুলাই তার নিয়োগ অনুমোদন করেন।
২০০২ সালের ১৫ই এপ্রিল বিশ্ববিদ্যালয়ের প্রকল্পটি সম্পূর্ণ বন্ধ ঘোষণা করা হয় এবং উপাচার্য হিসাবে প্রফেসর ড.এম. খায়রুল আলম খানের নিয়োগটি বাতিল হয়ে যায়।
পরবর্তীতে ২০০৯ সালের নভেম্বরে স্থগিত প্রকল্পটি পুনর্জীবিত হলে ২০১০ সালের ১৪ই ডিসেম্বর মাননীয় প্রধানমন্ত্রীর অনুমোদনে তৎকালীন রাষ্টপ্রতি মোঃ জিল্লুর রহমান প্রফেসর ড. এম খায়রুল আলম খানকে পুনরায় ৪ বছরের জন্য বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্য হিসাবে নিয়োগ প্রদান করেন এবং ২০১৪ সালে ১৩ই ডিসেম্বর তার মেয়াদ শেষ হয়।
২ ফেব্রুয়ারী ২০১৫ সালে রাষ্টপ্রতি মোঃ আব্দুল হামিদ বাংলাদেশ কৃষি বিশ্ববিদ্যালয়ের জৈবপ্রযুক্তি বিভাগের অধ্যাপক ড. খোন্দকার মোঃ নাসিরুউদ্দিন কে উপাচার্য হিসাবে ৪ বছরের জন্য নিয়োগ প্রদান করেন।কিন্তু ২০১৯ সালে ড.খন্দকার মোঃ নাসিরউদ্দিনের বিপক্ষে নারী কেলেঙ্কারি,দূর্নীতি, ক্ষমতার অপব্যবহার সহ নানাবিধ অভিযোগের প্রেক্ষিতে ছাত্রছাত্রীদের দুর্বার আন্দোলনের কারণে উপাচার্য পদ থেকে অপসারণ করা হয়।এরপর খন্ডকালীন উপাচার্য হিসাবে অত্র বিশ্ববিদ্যালয়ের ইলেকট্রনিকস অ্যান্ড টেলিকমিউনিকেশনস ইঞ্জিনিয়ারিং বিভাগের অধ্যাপক ড.মোঃ শাহজাহানকে নিয়োগ প্রদান করা হয়।
উল্লেখ্য, বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয় ৯ টি অনুষদ,৩২টি বিভাগসহ ১২০০০ শিক্ষার্থী নিয়ে সফলভাবে পরিচালিত হচ্ছে। বর্তমানে বিশ্ববিদ্যালয়টি শিক্ষার্থী ভর্তির দিক থেকে বাংলাদেশের পাবলিক বিশ্ববিদ্যালয় গুলোর মধ্যে ৪র্থ তম।